Organische Chemie
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Grundlagen der organischen Chemie
A. Hädener, H. Kaufmann
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Organische Chemie Fragen und Antworten zur Chemie der Kohlenwasserstoffe. Hier kann alles von funktionellen Gruppen über Reaktionsmechanismen zu Synthesevorschriften, vom Methan zum komplexen Makromolekül diskutiert werden.

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Alt 19.11.2014, 15:24   #1   Druckbare Version zeigen
Jay97 Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
Polypeptid zu erstellen

Hi Leute,

Ich sitze vor einer mir unlösbaren Aufgabe:

Erstellen sie eine Tertiärstruktur eines frei gewählten Polypeptids, in dem alle möglich Wechselwirkungen vorkommen. Angabe auch in Primärstrukur.

Wie gehe ich an diese Aufgabe ran??

Danke Euch,

Jay
Jay97 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 19.11.2014, 15:54   #2   Druckbare Version zeigen
GeorgL Männlich
Mitglied
Beiträge: 1.904
AW: Polypeptid zu erstellen

Vorschlag: unter Berücksichtigung von http://de.wikipedia.org/wiki/Terti%C3%A4rstruktur Polypeptid mit Abschnitten mit definierter Sekundärstruktur, benachbart von Aminosäuresequenzen ohne Neigung zur Ausbildung von Sekundärstrukturen vorsehen, sodass unter Berücksichtigung der Abstände in den Sekundärstrukturelementabschnitten und den erwartbaren Atomabständen in den "ungeordneten Bereichen" letztere als "Scharniere" für die Faltung mit Annäherung zur Ausbildung der genannten Typen von Wechselwirkungen dienen.
GeorgL ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 22.11.2014, 13:06   #3   Druckbare Version zeigen
Jay97 Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
AW: Polypeptid zu erstellen

Okay, um ehrlich zu sein, hilft mir das überhaupt nicht. Wie sähe denn so ein Polypeptid aus, oder wie hieße es?
Jay97 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 22.11.2014, 13:31   #4   Druckbare Version zeigen
Fulvenus Männlich
Mitglied
Beiträge: 22.918
AW: Polypeptid zu erstellen

In welchem Rahmen ist diese Aufgabe gestellt worden,was ist dein Wissenshintergrund über Proteinstrukturen?
Die Aufgabe erscheint mir etwas ungewöhnlich für einen "Einsteiger",da nicht klar ist,was genau verlangt wird.
Ein Polypeptid besteht aus ca. mindestens 10 AS(->http://de.wikipedia.org/wiki/Peptid#Polypeptide ).Wenn man sämtliche möglichen Tertiärstrukturen einbauen wollte,müßte ein solches Peptid aber um einiges größer sein.
Vielleicht sollen hier auch nur für ein bestimmtes(frei gewähltes) Polypeptid
(Primärstruktur angeben)die Tertiärstrukturen angegeben werden,die in diesem Peptid realisiert werden können.
Oder soll hier per Computer ein solches Peptid mit den jeweiligen Strukturen generiert werden?

Fulvenus!
Fulvenus ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 22.11.2014, 14:15   #5   Druckbare Version zeigen
Jay97 Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
AW: Polypeptid zu erstellen

Q-11 Gymnasium Bayern. Wir kennen Vdw, Di-Di, WBB etc. Wir kennen Zwitterionen etc. Wir kenne eine gewisse Anzahl von Proteinen und sollen daraus wahrscheinlich was basteln.
Jay97 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 22.11.2014, 14:17   #6   Druckbare Version zeigen
Jay97 Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 8
AW: Polypeptid zu erstellen

Wir sollen es per Hand zeichnen
Jay97 ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 22.11.2014, 15:53   #7   Druckbare Version zeigen
Knuffel56  
nicht mehr Mitglied
Beiträge: n/a
AW: Polypeptid zu erstellen

Bitte die S-S-Brücken nicht vergessen:
http://de.wikipedia.org/wiki/Cystin
(Hier ist natürlich nur die verbrückte Aminosäure Cystein gezeichnet.)
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Alt 22.11.2014, 16:14   #8   Druckbare Version zeigen
zarathustra  
Moderator
Beiträge: 11.723
AW: Polypeptid zu erstellen

Zitat:
Zitat von Jay97 Beitrag anzeigen
Ich sitze vor einer mir unlösbaren Aufgabe
Die Aufgabe ist schlecht gestellt und m.E. wörtlich genommen gar nicht lösbar.

Zitat:
Zitat von Jay97 Beitrag anzeigen
Erstellen sie eine Tertiärstruktur eines frei gewählten Polypeptids, in dem alle möglich Wechselwirkungen vorkommen. Angabe auch in Primärstrukur.
Das würde genau genommen bedeuten, dass Du eine Kette von Aminosäuren zeichnest, die über Peptidbrücken (Säureamide) mit einander verbunden sind. Da eine Tertiärstruktur die gesamte 3D-Faltung einer Polypeptidkette beinhaltet, müsstest Du nicht nur Sekundärstrukturen zeichnen, sondern gleich auch die gesamte 3D-Struktur richtig vorhersagen. Dazu käme dann das kleine Problem, dass alle für die Tertiärstruktur relevanten Wechselwirkungen in Deiner Zeichnung realisiert sein müssten. Da es derzeit nichtmal Computerprogramme gibt, die eine solche Polypetidstruktur aus dem nichts heraus vorhersagen können, ist die Aufgabe so nicht lösbar. Insofern müsstest Du Dir Gedanken machen, was Dein Lehrer vermutlich von Dir will.

Zitat:
Zitat von Jay97 Beitrag anzeigen
Erstellen sie eine Tertiärstruktur eines frei gewählten Polypeptids, in dem alle möglich Wechselwirkungen vorkommen. Angabe auch in Primärstrukur.

Wie gehe ich an diese Aufgabe ran??
Es gibt eine Reihe von Wechselwirkungen, die für die Stabilisierung von Tertiärstruturen wichtig sind. Dazu zählen Disulfidbrücken, Wasserstoffbrücken, ionische Wechselwirkungen (Salzbrücken) und hydrophobe Wechselwirkungen. Diese wirken zwischen bestimmten Aminosäure-Seitenketten.
Du brauchst also eine Kette von Aminosäuren, die unter anderem eine Disulfidbrücke ausbilden kann. Dazu sind zumindest zwei Cysteine nötig. Für die Salzbrücken brauchst Du Aminosäuren mit positiv- bzw. negativ-geladenen Seitenketten.
Am Ende sollte die Struktur dann vermutlich so ähnlich wie das hier aussehen:

Nur dass Du die Aminosäurekette offenbar im Detail zeichnen sollst.

Grüße,
Zara
__________________
Ich habe zwar auch keine Lösung, aber ich bewundere das Problem!
zarathustra ist offline   Mit Zitat antworten
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aminosäuren, oc, proteine

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