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Alt 13.03.2011, 23:44   #1   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
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Gensequenzen kaufen

Hallo @ alle,

habe mal unter dem Thema DIY-Biology ein bisschen gegoogelt, und da kam mir die Frage auf "wo bekomme ich ein Fluoreszierendes (Quallen-)Gen her".

Eine Forscherin hat sich das laut einem Artikel angeblich irgendwo bestellt. Im Internet finde ich dazu aber leider nichts... (Kennt jemand vlt sogar einen Online-Gen-shop?)
Gibt es irgendeine Möglichkeit, so ein (harmloses) Gen irgendwo zu bestellen bzw aufzutreiben?

Ich könnte mir auch lumineszierende Salzwasserbakterien besorgen und deren Membranen lösen, doch welches der vielen Gene ist dann das Leuchtgen?


Mfg
runner02 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 00:32   #2   Druckbare Version zeigen
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AW: Gensequenzen kaufen

In der Regel kauft man sich Sequenzen für fluoreszierende Proteine in Form von Vektoren, damit kann man dann arbeiten:

z. B. der Vektor pEGFP

http://www.clontech.com/images/pt/dis_vectors/PT3078-5.pdf

Die Vektoren kann man einfach in Bakterien oder anderen Organismen (je nach ORI) vermehren und isolieren.
Die Sequenzen kann man sich herausschneiden oder mit PCR herauskopieren und dann damit arbeiten.

Die Vektoren sind jedoch sehr sehr teuer (meist mehrere hundert Euro) und die meisten Firmen verkaufen nicht an privat.

Ich habe mir damals in der Uni einen rekombinanten Klon mit dem Vektor (nicht modifiziert) gepickt und einen Glycerinstock angefertigt. Der schlummert nun bei -20 °C in der Tiefkühltruhe. Mit E. coli geht das, die halten sich Jahe dadrin.

Ab und an zieh ich en mal in Medium an um ihn zu erhalten.

Du kannst natürlich auch die pure DNA in der Truhe lagern....
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Alt 14.03.2011, 10:25   #3   Druckbare Version zeigen
zarathustra  
Moderator
Beiträge: 11.723
AW: Gensequenzen kaufen

Zitat:
Zitat von runner02 Beitrag anzeigen
habe mal unter dem Thema DIY-Biology ein bisschen gegoogelt, und da kam mir die Frage auf "wo bekomme ich ein Fluoreszierendes (Quallen-)Gen her".
Da Du es zumindest sprachlich vermischt: Du suchst nach einem Gen (bzw. eigentlich einer cDNA), was aber fluoresziert ist das entsprechende Protein (GFP).

Zitat:
Zitat von runner02 Beitrag anzeigen
Eine Forscherin hat sich das laut einem Artikel angeblich irgendwo bestellt. Im Internet finde ich dazu aber leider nichts... (Kennt jemand vlt sogar einen Online-Gen-shop?)
Gibt es irgendeine Möglichkeit, so ein (harmloses) Gen irgendwo zu bestellen bzw aufzutreiben?
Wir bestellen einige Sachen z.B. hier:
http://www.openbiosystems.com/

Wenn man etwas nicht kaufen kann, kann man auch die mRNA eines entsprechenden Lebewesens (oder Gewebes) isolieren und in cDNA umschreiben. Daraus kann man mit einer PCR das gewünschte Produkt vervielfältigen und in ein Expressionsplasmid klonieren.

Zitat:
Zitat von runner02 Beitrag anzeigen
Ich könnte mir auch lumineszierende Salzwasserbakterien besorgen und deren Membranen lösen, doch welches der vielen Gene ist dann das Leuchtgen?
Hier verwechselst Du m.E. Fluoreszenz und Lumineszenz (z.B. Luciferase), das sind unterschiedliche Phänomene, an denen unterschiedliche Proteine beteiligt sind.

Zitat:
Zitat von Pfefferminztee
Ich habe mir damals in der Uni einen rekombinanten Klon mit dem Vektor (nicht modifiziert) gepickt und einen Glycerinstock angefertigt. Der schlummert nun bei -20 °C in der Tiefkühltruhe. Mit E. coli geht das, die halten sich Jahe dadrin.
Ihr lagert Glycerol-Stocks wirklich bei -20°C? Eigentlich sollten sie in -80°C kommen...


Gruß,
Zara
__________________
Ich habe zwar auch keine Lösung, aber ich bewundere das Problem!
zarathustra ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 11:22   #4   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
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Beiträge: 62
AW: Gensequenzen kaufen

Ja, das habe ich sprachlich durcheinandergemixt, sry.

Das Protein suche ich, das Bioluminiszenz erreicht, in dem es Luziferase-Proteine codiert.


Naja, wenn es die DNA ohne Vektor billiger gibt, brauche ich keinen.
Denn der Vektor wirkt ja auch nur auf eine bestimmte Gruppe von Lebewesen (Bakterien oder höhere Lw).

Ich habe gelesen, dass ein Ultraschall-Schmuck-Reinigungsgerät die Membranen der Zellen kurzzeitig öffnen kann, und man somit auf sehr einfache Weise das Gen in das Bakterium bzw. die Zelle schleusen kann ...


Ich könnte natürlich auch mit Spüli und Salz die DNA aus dem Leuchtbakterium holen, nur dann habe ich keine Ahnung, wie ich das einzelne Gen herauspicken könnte...
runner02 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 11:57   #5   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
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Themenersteller
Beiträge: 62
AW: Gensequenzen kaufen

Ach ja, unter dem Stichwort 'Bioluminescence' oder 'lux' findet man hier http://www.openbiosystems.com/ leider nichts...
runner02 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 12:40   #6   Druckbare Version zeigen
Caliban Männlich
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Beiträge: 612
AW: Gensequenzen kaufen

Zitat:
Zitat von runner02 Beitrag anzeigen
Ja, das habe ich sprachlich durcheinandergemixt, sry.

Das Protein suche ich, das Bioluminiszenz erreicht, in dem es Luziferase-Proteine codiert.
... schon wieder

du suchst also ein Gen, das eine Luciferase kodiert, bzw. hättest du gern Luciferase...

Da gibts verschiedene Systeme je nachdem was du überhaupt machen willst. Sehr bequem z.B. für die Promotoranalyse ist das luxCDABE System, da sich da die Bakterien ihr Substrat selber herstellen und man die Suppe einfach messen kann ohne noch was dazu zu geben. Bei den meisten anderen Systemen die ich kenne musst du das Substrat (Luciferin + ATP) selber zugeben (Firefly Luciferasen etc.)..

Am sinnvollsten wär vielleicht einfach mal zu sagen was du machen willst. Evtl. empfiehlt es sich mal in einer Mikrobiologie Arbeitsgruppe in der nächsten Uni nachzufragen ob dir irgendjemand ein bisschen was von einem entsprehenden Plasmid abgeben kann.
Caliban ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 13:10   #7   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
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Themenersteller
Beiträge: 62
AW: Gensequenzen kaufen

Ich möchte Bakterien und Hefen zum Leuchten bringen, die vorher ganz normal waren, dh. die nicht vorher leuchteten. Aja, und sie sollen immer leuchten, nicht unter einer bestimmten Bedingung.

Dh. : Ich brauche einen Bakterienstamm, und das System luxCDABE. Dann gebe ich beides (mit etwas Wasser vermischt) in eine Ultraschallmaschine.
Diese macht die Membranen durchlässig, das Gensystem luxCDABE wandert in die Zelle.
Die Membran stabilisiert sich dann wieder, nachdem ich die US-Maschine ausgeschaltet habe.

Und ein paar der Bakterien werden dann wohl leuchten, von denen mache ich einen Abstrich und habe leuchtende Bakterien. Das selbe mit Hefen.
runner02 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 14:20   #8   Druckbare Version zeigen
Caliban Männlich
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Beiträge: 612
AW: Gensequenzen kaufen

Trafo mit Ultraschall? Das wird nix... Die einfachsten Transformationsmethoden für den "Hausgebrauch" wären wohl Heatshock oder "Nanopiercing".

Zuerst musst du aber das lux Operon, wenn du es denn hast, vor einen starken konstitutiven Promotor klonieren...

Wenns dir wirklich nur ums angucken geht ist es wahrscheinlich am einfachsten "Leuchtbakterien" zu isolieren. Protokolle dafür gibts bestimmt einige. Ich hab das vor ner Weile mal in nem Mibi-Praktikum gemacht.
Caliban ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 17:07   #9   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
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Beiträge: 62
AW: Gensequenzen kaufen

Zitat:
Zitat von Caliban Beitrag anzeigen
Trafo mit Ultraschall? Das wird nix... Die einfachsten Transformationsmethoden für den "Hausgebrauch" wären wohl Heatshock oder "Nanopiercing".
http://www.wiwo.de/technik-wissen/genmanipulation-selbst-gemacht-391479/

Zitat:
Zuerst musst du aber das lux Operon, wenn du es denn hast, vor einen starken konstitutiven Promotor klonieren...
Puh... Wie kann ich das mit möglichst wenig Aufwand erreichen??


Mfg
runner02 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 14.03.2011, 17:33   #10   Druckbare Version zeigen
ehemaliges Mitglied  
nicht mehr Mitglied
Beiträge: n/a
AW: Gensequenzen kaufen

Zitat:
Ihr lagert Glycerol-Stocks wirklich bei -20°C? Eigentlich sollten sie in -80°C kommen...
Eigentlich ja!

Aber die Mini -80 °C Truhe an der Uni ist randvoll mit irgendwelchem Pflanzenzeugs für die Stoffwechselleute, kompetenten Zellen (wegen der Kompetenz) und anderen richtig teure Sachen.

Ich habe die Erfahrung gemacht das sich viele Sachen auch mehrere Monate bis Jahre in einer normalen Tiefkühltruhe lagern lassen.
Das geht sicher nicht für alle, aber bisher sind mir die E. colis sowohl in der Uni als auch bei meinen eigenen Projekten daheim immer wieder in LB + AB angewachsen.
Manche frieren auch die Minipräp Säulen ein und eluieren diese mit 3-5 Mikroliter wenn sie schnell DNA brauchen für ne Re Trafo. Soll angeblich auch funktionieren.
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Alt 15.03.2011, 10:58   #11   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
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Themenersteller
Beiträge: 62
AW: Gensequenzen kaufen

Gibt es das nicht fertig zu erhalten?

Also Lux-Operon+Promoter schon zusammengesetzt??
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Alt 15.03.2011, 11:34   #12   Druckbare Version zeigen
Caliban Männlich
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Beiträge: 612
AW: Gensequenzen kaufen

ka... hatte mich übrigens verschrieben. Das lux Operon muss natürlich hinter den Promotor.

Naja, ich werd mich jedenfalls nicht weiter dazu äußern. Entweder du machst das ganze legal, also in nem Labor mit min. S1 Klassifizierung, dann ist auch das nötige Know-how vorhanden, oder du lässt es bleiben.

Ich würd dir sowieso empfehlen das Pferd nicht von hinten aufzuzäumen. Als allerstes solltest du sowieso die Theorie aneignen bevor du irgendwas machst. Du machst jedenfalls nicht den Eindrück, als wüsstest du was du machen willst
Caliban ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 15.03.2011, 16:26   #13   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 62
AW: Gensequenzen kaufen

Ich bin ja ein Verfechter des Learning by doing.

Gänzlich unqualifiziert bin ich nicht, und werde bald ein Biologiestudium beginnen.
Dann sollte ich es erst mal bei dem Versuch mit dem Hering belassen, von dem man Leuchtbakterien gewinnen kann....

Mfg
runner02 ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 15.03.2011, 17:41   #14   Druckbare Version zeigen
Lumpenstrumpf  
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Beiträge: 1.047
AW: Gensequenzen kaufen

Zitat:
Zitat von runner02 Beitrag anzeigen
Gänzlich unqualifiziert bin ich nicht, und werde bald ein Biologiestudium beginnen.
*hihi*

Willst du dir einfach nur "Leuchtebakterien" angucken, oder wie? Leutbakterien gibts ja zu kaufen, vielleicht geht das über deine Schule? Frag doch mal deinen Bio-Lehrer! Schau mal hier, müsst doch Vibrio fischerii sein, oder? :-) http://www.dsmz.de/microorganisms/html/strains/strain.dsm000507.html Aber weiß nicht genau, ob die Leuchtbakkis irgendwelchen Sicherheitsvorschriften unterliegen??

Ich glaub fast, die Bakkis aus dem Fisch zu isolieren, wird schwerer ...
Lumpenstrumpf ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 15.03.2011, 20:13   #15   Druckbare Version zeigen
runner02 Männlich
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Themenersteller
Beiträge: 62
AW: Gensequenzen kaufen

Lehrer habe ich keinen mehr...
In diesem Falle leider

http://www.dsmz.de/microorganisms/html/plasmids/plasmid.dsm006701.html
Kann man mit dem pUTK9 - Plasmid arbeiten?

Geändert von runner02 (15.03.2011 um 20:23 Uhr)
runner02 ist offline   Mit Zitat antworten
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